Ifølge forskningsenhedernes vedtægter skal lederne være alment praktiserende læger og fungere under landsoverenskomsten mellem Praktiserende Lægers Organisation og Sygesikringen i Danmark. Lederne fungerer under ansvar over for en bestyrelse, der består af to medlemmer fra Praktiserende Lægers Organisation og to medlemmer fra Sygesikringens Forhandlingsudvalg under Danske Regioner.

Forskningsenhederne skal så vidt muligt have lokaler i tilknytning til de tre universiteters afdelinger for almen medicin med henblik på samarbejde.